南京空港跨境电子商务产业园于2014年5月获批建设，2016年6月12日正式通关运营。产业园一期、二期总面积19.8万平米的电商物流中心、仓储中心、运营中心、体验中心等设施已竣工投产，三期2.2万平米总部办公基地、数据中心、展示交易中心等设施正在进行方案设计，预计2019年底前开工建设。2016年7月，根据海关要求，空港成立了南京港顺物流有限公司，作为海关监管场所运营人，负责入驻企业的管理、服务、维护及统计工作。
空港经开区紧抓南京列入综合试验区的机遇和优势，大力推进跨境电商产业的发展，进一步完善跨境电商平台功能，引进国内外知名电商企业，努力建成国家跨境电商综合实验区。截至目前已引进跨易、淘道嗨、万胤俊、联拓、贸互通、江跨境等10多家知名电商、货代企业，引进了EMS、江苏邮政、甲申、转运中国、时进等国际物流企业，以及市电子口岸、空港跨境、三宝星系等电商综合服务平台企业。同时，进一步加强与江跨境、贸互通、药易通等外综服平台的深度合作，并不断优化完善平台功能，通过为中小企业提供进出口环节相关服务，降低了中小外贸企业的成本，壮大了跨境企业主体。
2018年4月，空港经开区（江宁）上报并通过了《省级服务业综合改革试点方案》，成功入选全省新一轮服务业综合改革试点区域，以创建国内一流跨境电子商务示范区为目标，加速跨境电商产业的改革创新步伐，形成了较为完整的跨境电商产业链。9月，空港现场跨境通关点完成了海关总署版通关新系统的切换，具备大包过机功能。空港跨境电商产业园作为升级版首个试点推行场站，由南京海关监管处将监管点新系统的通关运行经验对梳理展示，给全省范围内海关通关新系统的顺利切换提供了宝贵的经验。
2019年以来，南京空港跨境电子商务产业园监管点申报了江苏省跨境物流卡口智能化信息系统试点场所，南京海关在南京空港跨境电子商务产业园试点启用了“掌上物流”系统开展跨境货物的智能验放。试运行两个月以来，金陵海关驻邮局办事处空港跨境监管现场使用卡口系统自动放行车辆96辆次，放行跨境出口货物72万单，累计为跨境物流企业缩短车辆在场通关等待时间约48个小时。空港物流卡口智能化信息系统的启用也是南京海关“互联网+”在跨境监管领域的首次尝试。2019年上半年实现验放进出口商品267万件，同比增长610%,占关区验放量的90%以上。